اين ماه علامى مير محمد باقر را طلبيدند و با او افطار فرمودند و هفت ساعت با هم مشغول صحبت بودند و امر فرمودند به تأليف رساله‌اى در شرائط و آداب دعا كردن و دعا خواندن . در ماه مبارك رجب سنهء مذكوره نواب اشرف مأمور ساخت حضرت فضيلت پناه محقق فاضل عالم عامل جامع جميع كمالات صورى و معنوى ، علّامة دهره و فريد عصره مير محمد باقر - سلّمه اللّه - را به ترجمه و شرح مجمع البيان ؛ و آن جناب متوجه شده قدرى نوشتند و آنچه نوشته شده تفسيرى است مفيد از مجمع البيان وفّقه اللّه لاتمامه » . « 1 » به دنبال آن از تصميم شاه ياد مىكند كه بر آن شد تا مير محمد باقر را به سمت شيخ الاسلامى بگمارد . در اين باره ، مجلسى تشكيل شد كه آقا جمال خوانسارى نيز در آن حضور داشت . در آنجا به اصرار از وى خواسته شد تا اين منصب را بپذيرد ، اما محمد باقر نپذيرفت تا آن كه بالاخره بعد از مدتى مديد و گفتگويى بسيار ، نواب اشرف عذر ايشان را پذيرفته ، ايشان را از اين منصب معاف داشتند . در اين لحظه مير محمد صالح خاتون‌آبادى را به شيخ الاسلامى منصوب كردند . محمد حسين دربارهء او مىنويسد : « و حضرت علامى فهامى يگانهء زمانه مير محمد باقر - سلّمه اللّه - سن شريفش چهل و پنج بود و از راقم سه سال كوچكتر بود و حقا كمال مردانگى و همّت و تديّن بود از چنين منصبى گذشتن او . » « 2 » وى مكرر از الطاف شاه نسبت به محمد باقر ياد كرده و ضمن اشاره به شفقت شاه نسبت به او مىگويد : « و ديگر ، نواب اشرف غايت تعظيم و توقير مىنمود امير محمد باقرا - سلّمه اللّه - [ را ] و در خلوات با او صحبت مىداشت . و بناى مدرسه نمود در چهار باغ اصفهان در هزار و صد و شانزده ، و در هزار و صد و هجده مدرسه مشرف بر تمام شدن شد ، و در ذىالحجة الحرام همان سال تدريس مدرسهء مزبوره را به حضرت علامة العلماء امير محمد باقرا - سلّمه اللّه - تفويض نمود « 3 » و . . . در وجه او دويست تومان مقرر فرمود و مخلّع ساخت آن علامى را به خلعت فاخره و در القاب او افزود « زبدة العلماء المتبحرين » را ، و از جملهء محرمان و مخصوصان نواب اشرف بود . » در سال 1119 شاه به سفر مشهد مقدّس رفته و در اين سفر مير محمد باقر و آقا جمال خوانسارى او را همراهى مىكرده‌اند . مؤلف ضمن ستايش از شاه مىگويد : « . . . همهء كارهاى خود را موافق شرع شريف مىكند و مسائل را جميعا از حضرت استادى علامةالعلمايى امير محمد باقر - ادام اللّه ظلّه السّامى - اخذ مىكند و اعتقاد كامل به حضرت استادى دارد و

--> ( 1 ) . خاتون‌آبادى ، همان ، ص 552 ( 2 ) . همان ، صص 554 - 555 ( 3 ) . متن حكم مدرسى مير محمد باقر در : دانش‌پژوه ، فهرست ميكروفيلم‌هاى دانشگاه تهران ، ج 1 ، ص 233 شناسانده شده است .